（2004年6月29日上海市人民政府令第31號發布）
第一條 （目的）
為加強對微生物菌劑使用環境安全的管理，保護生態環境，保障人體健康，制定本辦法。
第二條 （適用范圍）
本辦法適用于本市范圍內以生態環境保護和污染防治為目的，使用微生物菌劑的環境安全管理。
前款規定范圍內，屬于基因改造的微生物菌劑使用，以及微生物菌劑在實驗室內使用的，不適用本辦法。
第三條 （管理部門） ．
上海市環境保護局（以下簡稱市環保局）負責本市微生物菌劑使用的環境安全管理。
本市農業、水務、市容環衛、綠化、衛生、質監、檢驗檢疫等有關管理部門按照各自的職責，協同實施本辦法。
第四條 （環境安全許可制度）
本市實行微生物菌劑使用環境安全許可制度。
微生物菌劑提供單位（以下簡稱提供單位）提供的微生物菌劑，應當取得微生物菌劑環境安全許可證（以下簡稱環境安全許可證）。
提供單位提供不同的微生物菌劑品種，應當分別取得環境安全許可證。
第五條 （環境安全評價）
提供單位在申請環境安全許可證前，應當委托微生物菌劑環境安全評價機構（以下簡稱環境安全評價機構）對所提供的微生物菌劑進行環境安全評價。
第六條 （環境安全評價機構）
環境安全評價機構應當具備微生物分類鑒定、特性檢測和環境保護研究或者評價的能力。環境安全評價機構應當根據市環保局制定的微生物菌劑使用環境安全評價導則進行評價，并對其作出的評價結論負責。
第七條 （檢測機構）
微生物菌劑使用環境安全評價中的有關檢測數據，應當由通過相關項目計量認證或者國家實驗室認可的專業機構出具。
環境安全評價機構不具備檢測能力的，應當委托符合前款規定條件的微生物菌劑檢測機構（以下簡稱檢測機構）檢測。檢測機構應當對其作出的檢測結果負責。
第八條 （許可申請）
提供單位申請微生物菌劑環境安全許可證，應當提交下列材料：
（一）申請書；
（二）環境安全評價報告；
（三）項目負責人和工作人員具備微生物技術應用相關專業知識和安全操作知識的證明材料；
（四）指導微生物菌劑應用單位（以下簡稱應用單位）采取安全控制措施的承諾書；
（五）微生物菌劑應用的環境安全控制和事故處置應急預案。
從國外引進微生物菌劑的，還應當提交由國家檢驗檢疫行政主管部門出具的出入境特殊物品衛生檢疫證明文件。
市環保局應當在收到申請之日起20個工作日內組織有關專家進行論證并作出書面許可決定，不予批準的，應當說明理由。市環保局在20個工作日內不能作出決定的，經市環保局負責人批準，可以延長10個工作日作出許可決定，但應當將延長期限的理由告知申請人。
第九條 （許可期限）
環境安全許可證有效期為3年。環境安全許可證有效期屆滿，提供單位需要繼續提供該微生物菌劑的，應當在有效期屆滿30日前向市環保局提出延續申請。市環保局應當按照本辦法第八條的規定進行審查后，作出是否準予延續許可的決定。
第十條 （有關事項的變更）
提供單位變更微生物菌劑應用范圍的，應當辦理許可變更手續。
提供單位改變企業名稱或者微生物菌劑商品名稱的，應當自改變之日起10個工作日內向市環保局備案。
第十一條 （許可的撤回）
微生物菌劑在使用中出現異常情況或者在新的科學依據支持下，經論證確有環境危害的，市環保局可以責令停止提供和應用，并撤回該微生物菌劑的環境安全許可證。
第十二條 （應用備案）
在河道（湖泊）治理、土壤修復、污水處理、垃圾堆肥等領域應用微生物菌劑的，應用單位應當在應用前，將提供單位的名稱、應用單位的名稱、應用微生物菌劑的品種、數量、用途、應用范圍和時間等有關內容向市環保局備案。
第十三條 （提供單位的安全控制措施）
提供單位應當向應用單位提供微生物菌劑應用的環境安全控制和事故應急預案，協同應用單位在技術上做好微生物菌劑應用的環境安全控制與應急處理工作，并對微生物菌劑在本市的應用情況進行跟蹤調查，按年度向市環保局報告所提供的微生物菌劑的應用情況。
第十四條 （應用單位的安全控制措施）
應用單位應當使用獲得環境安全許可證的微生物菌劑，并按照提供單位規定的環境安全控制措施，加強應用過程中的環境安全管理。
發現微生物菌劑應用對環境安全造成或者可能造成危害的，應用單位應當按照事故應急預案，采取有效措施控制和消除危害，并及時向市環保局、提供單位報告、通報。
第十五條 （監督管理）
市環保局應當對微生物菌劑的使用情況進行定期或者不定期的監督、檢查，有關單位應當給予配合，不得拒絕和隱瞞。
市環保局應當對環境安全評價機構實施跟蹤考核。對在評價過程中不負責任或者弄虛作假的環境安全評價機構，市環保局應當向社會公布，并自查處之日起3年內不予受理該機構出具的環境安全評價報告。
第十六條 （保密規定）
環保部門工作人員、參與微生物菌劑環境應用論證的專家、環境安全評價機構和檢測機構應當保守提供單位的技術秘密。
第十七條 （提供單位和應用單位的法律責任）
違反本辦法規定，有下列情形之一的，由市環保局責令限期改正，逾期不改正，用于非經營活動的，可處以500元以上1000元以下的罰款；用于經營活動的，可處以1000元以上1萬元以下的罰款：
（一）提供單位、應用單位拒絕接受環保部門現場檢查，或者在被檢查時弄虛作假的；
（二）提供單位變更企業名稱或者微生物菌劑商品名稱，未按規定備案的；
（三）應用單位應用經許可的微生物菌劑，未按規定備案的。
違反本辦法規定，有下列情形之一，用于非經營活動的，可處以500元以上1000元以下罰款；用于經營活動的，可處以1萬元以上3萬元以下的罰款；造成環境危害的，責令消除影響。
（一）未經許可擅自提供微生物菌劑，或者擅自變更應用范圍的；
（二）提供單位轉讓環境安全許可證的；
（三）提供單位未按規定提交微生物菌劑應用情況報告的；
（四）應用單位擅自使用未經許可的微生物菌劑的；
（五）微生物菌劑應用過程中對人體健康或生態環境造成影響，應用單位未采取有效措施的。
提供單位在申請環境安全許可證的過程中隱瞞有關情況或者提供虛假材料的，市環保局不予受理或者不予行政許可，申請人在1年內不得再次申請該行政許可。
第十八條 （環境安全評價機構和檢測機構的法律責任）
環境安全評價機構違反本辦法規定，在評價過程中不負責任或者弄虛作假，致使評價結果失實的，由市環保局處1萬元以上3萬元以下的罰款。
檢測機構發生的有關違法行為，由質量技監管理部門依法處理。
第十九條 （其他規定）
本辦法施行前，提供單位已獲得環境安全許可的，應當自本辦法施行之日起30日內，向市環保局換領環境安全許可證。
本辦法施行前，已在本市范圍內進行微生物菌劑環境保護應用的單位，應當自本辦法施行之日起30日內，向市環保局備案。
第二十條 （施行日期）
本辦法自2004年8月1日起施行。